ゲノム情報学基礎論 †
目次 / Contents †
1、 ヒトゲノム計画とバイオインフォマティクスの歴史
2、 アラインメントの生物学的意義
3、 ペアワイズアラインメント
4、 マルチプルアラインメント
5、 配列モチーフ抽出
6、 ゲノム配列からの遺伝子予測
7、 発現変動遺伝子推定
8、 遺伝子発現データのクラスタ解析
1、 Human Genome Project and the history of bioinformatics
2、 Biological significance of alignments
3、 Pairwise alignments
4、 Multiple alignments
5、 Sequence motif extraction
6、 Prediction of gene regions from genome sequence
7、 Prediction of differentially expressed genes
8、 Clustering of gene expression data
教科書 / Textbook †
授業中に資料を配布
成績評価 / Evaluation †
- 出席及び授業中の演習問題(20点)
- レポート(80点)
プログラム課題 / Program exercise †
一致を+1、不一致を-1、ギャップを-2とし、動的計画法を用いて、以下の1及び2のDNA配列に対する最適な大域的アラインメントを求めるプログラムを作成せよ。ただし、最適アラインメントが複数得られる場合は、いずれか一つを求めるプログラムでもよい。サンプルプログラムは、sample.cをダウンロードしてください。
1、TAGCTGCTATATGTCTTAACCATATGCGGTTTCCAAAGGAAC
2、TACGCTAATATATGTCTAACCATATAGGTTTCCAAAGGCC
提出方法
・プログラム環境は何でも構いません。使用した環境を明記して提出してください。
・表紙:課題名、学類・学年、名列番号および氏名を明記すること。ファイル名を、名列番号_氏名.docxのように記述すること。
・本文:ソースコード(プログラム)と簡単な説明、その実行結果(スコアを記入したマトリックスも含む)
・提出方法:アカンサスポータルの「LMS Course(WebClass)」から,「ゲノム情報学基礎論B」を選択し、「Program assignment (Needleman-Wunsch algorithm)」をクリックして、「Start」を選択し、レポートをアップロードする。
・他人のレポートをコピーしたと判断されるときは、両者とも採点しません(0点です)。
・提出期限: 2019年8月1日(木)
質問日 / Office hour †
毎週木曜日
講義資料 / handout †
授業で使用したpptファイル