EmEditor Free インストール手順 †

1, EmEditor Freeをダウンロードしてダブルクリックする。
2, 最初に EmEditor を起動時、Free版を選択するダイアログ ボックスが表示されます。また、[ヘルプ] メニューから [アップグレード] または [ダウングレード] コマンド を選択するだけで、Pro版と Free版を切り替えることができます。ただし、Free版は、ご家庭または学校で個人としてのみお使いいただけます。会社、政府、その他の組織で利用することはできません。

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MinGW インストール手順 †

1, mingw-get-setup.exeをダウンロードしてダブルクリックする。
2, Install ボタンを押す。
3, Continue ボタンを押す。
4, Continue ボタンを押す。
5, mingw32-base-bin を右クリックし, Mark for Installation をクリックする。
6, メニューバーの Installation より Apply Changes をクリックする。
7, Apply ボタンを押す。
8, Close ボタンを押す。
9, メニューバーの Installation より Quit をクリックする。

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環境変数設定 †

1, 検索窓に環境変数と入力する。
2, 環境変数を編集 をクリックする。
3, システムのプロパティ→詳細設定→環境変数を選択。
4, ユーザ環境変数→Path→編集を選択。
5, 環境変数 ウィンドウに戻るので, ユーザー環境変数 の Path をクリックし, 編集 ボタンを押す。
6, 環境変数名の編集ウィンドウが表示される。
7, 新規ボタンを選択し, C:\MinGW\binと入力, OK ボタンを押す。
8, そのまま OK ボタンを押す。
9, コマンドプロンプトを開き, gcc や gdb コマンドが利用できることを確認する。
$ gcc --version
$ gdb --version

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プログラム課題 / Program exercise †

一致を+1、不一致を-1、ギャップを-2とし、動的計画法を用いて、以下の1及び2のDNA配列に対する最適な大域的アラインメントを求めるプログラムを作成せよ。ただし、最適アラインメントが複数得られる場合は、いずれか一つを求めるプログラムでもよい。サンプルプログラムは、sample.cをダウンロードしてください。

1、TACGCGTATGCTGTATGTCTAACCGTATAGGTACAAGAGG
2、TACGCTAATATATGTCTAACCATATAGGTTCACGAGG

提出方法
・プログラム環境は何でも構いません。使用した環境を明記して提出してください。
・表紙：課題名、学類・学年、名列番号および氏名を明記すること。ファイル名を、名列番号_氏名.docxのように記述すること。
・本文：ソースコード（プログラム）と簡単な説明、その実行結果（スコアを記入したマトリックスも含む）
・提出方法：アカンサスポータルの「LMS Course（WebClass）」から，「ゲノム生物学特論A」を選択し、「Program assignment (Needleman-Wunsch algorithm)」をクリックして、「Start」を選択し、レポートをアップロードする。
・他人のレポートをコピーしたと判断されるときは、両者とも採点しません（０点です）。
・提出期限：2023年8月3日（木）

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講義資料　/ handout †

授業で使用したpptファイル