Original research papers †

Yamada Y, Shiroma A, Hirai S, Iwasaki J,
Zuo1, a ribosome-associated J protein, is involved in glucose repression in Saccharomyces cerevisiae.
FEMS Yeast Research, Vol.23:foad038, 2023.

Yamada Y,
UME6 Is Involved in the Suppression of Basal Transcription of ABC Transporters and Drug Resistance in the ρ+ Cells of Saccharomyces cerevisiae.
Microorganisms, Vol.10:601, 2022.

Yamada Y,
RPD3 and UME6 are involved in the activation of PDR5 transcription and pleiotropic drug resistance in ρ0 cells of Saccharomyces cerevisiae.
BMC Microbiology, Vol.21:311, 2021.

Yamada Y, Sasaki S,
A method for identifying allele-specific hydroxymethylation.
Epigenetics, 15 (3), 231-250, 2020, Published online: 18 Sep 2019.

Echizen K, Horiuchi K, Aoki Y, Yamada Y, Minamoto T, Oshima H, Oshima M,
NF-κB-induced NOX1 activation promotes gastric tumorigenesis through the expansion of SOX2-positive epithelial cells.
Oncogene, Vol.38, pp.4250–4263, 2019.

Nakayama M, Sakai E, Echizen K, Yamada Y, Oshima H, Han T-S, Ohki R, Fujii S, Ochiai A, Robine S, Voon DC, Tanaka T, Taketo MM and Oshima M,
Intestinal cancer progression by mutant p53 through the acquisition of invasiveness associated with complex glandular formation.
Oncogene, Vol.36, No.42, pp.5885-5896, 2017.

Maeda Y, Echizen K, Oshima H, Yu L, Sakulsak N, Hirose O, Yamada Y, Taniguchi T, Jenkins BJ, Saya H, Oshima M.
Myeloid Differentiation Factor 88 Signaling in Bone Marrow-Derived Cells Promotes Gastric Tumorigenesis by Generation of Inflammatory Microenvironment.
Cancer Prev Res, Vol.9(3), pp.253-263, 2016.

Miyahara H., Hirose O., Satou K., Yamada Y.
Factors to preserve CpG-rich sequences in methylated CpG islands.
BMC Genomics, Vol.16:144, 2015.

Oshima H., Ishikawa T., Yoshida G.J., Naoi K., Maeda Y., Naka K., Ju X., Yamada Y., Minamoto T., Mukaida N., Saya H., Oshima M.,
TNF-α/TNFR1 signaling promotes gastric tumorigenesis through induction of Noxo1 and Gna14 in tumor cells.
Oncogene, Vol.33(29), pp.3820-3829, 2013.

Fukuda K., Ichiyanagi K., Yamada Y., Go Y., Udono T., Wada S., Maeda T., Soejima H., Saitou N., Ito T., Sasaki H.,
Regional DNA methylation differences between humans and chimpanzees are associated with genetic changes, transcriptional divergence and disease genes.
Journal of Human Genetics, Vol.58(7), pp.446-454, 2013.

Dang Xuan Tho, Osamu Hirose, Duong Hung Bui, Thammakorn Saethang, Vu Anh Tran, Lan Anh T. Nguyen, Tu Kien T. Le, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada, Kenji Satou,
A Novel Over-Sampling Method and its Application to Cancer Classification from Gene Expression Data.
Chem-Bio Informatics Journal, Vol.13, pp.19-29, 2013.

Yamada Y., Sawada H., Hirotani K., Oshima M., Satou K.,
Validation of MIMGO: a method to identify differentially expressed GO terms in a microarray dataset.
BMC Research Notes, Vol.5:680 (12 pages), 2012.

Saethang, T., Hirose, O., Kimkong, I., Tran, V.A., Dang, X.T., Nguyen, L.A.T., Le, T.K.T., Kubo M., Yamada Y., Satou K.,
EpicCapo: Epitope Prediction using Combined Information of Amino Acid Pairwise Contact Potentials and HLA-Peptide Contact Site Information.
BMC Bioinformatics, Vol.13:313 (12 pages), 2012.

Thammakorn Saethang, Osamu Hirose, Ingorn Kimkong, Vu Anh Tran, Xuan Tho Dang, Lan Anh T. Nguyen, Tu Kien T. Le, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada, Kenji Satou,
PAAQD: predicting immunogenicity of MHC class I binding peptides using amino acid pairwise contact potentials and quantum topological molecular similarity descriptors.
Journal of Immunological Methods, Vol.387, pp.293-302, 2012.

Dan Kong, Ying-Shi Piao, Satoshi Yamashita, Hiroko Oshima, Keisuke Oguma, Sachio Fushida, Takashi Fujimura, Toshinari Minamoto, Hiroshi Seno, Yoichi Yamada, Kenji Satou, Toshikazu Ushijima, Tomo-o Ishikawa, Masanobu Oshima,
Inflammation-induced repression of tumor suppressor miR-7 in gastric tumor cells.
Oncogene, Vol.31, No.35, pp.3949-3960, 2011.

Yamada Y., Ito T.
Highly efficient PCR assay to discriminate allelic DNA methylation status using whole genome amplification.
BMC Research Notes, Vol.4:179 (6 pages), 2011.

Yoichi Yamada, Ken-ichi Hirotani, Kenji Satou, Ken-ichiro Muramoto,
An identification method of data-specific GO terms from a microarray data set.
IEICE TRANSACTIONS on Information and Systems, Vol.E92-D, No.5, pp.1093-1102, 2009.

Manabu Kaneda, Mikiko Nagashima, Tomoya Nunome, Takanori Muramatsu, Yoichi Yamada, Mamoru Kubo, Ken-ichiro Muramoto, Toru Matsukawa, Yoshiki Koriyama, Kayo Sugitani, Ivan H. Vachkov, Kazuhiro Mawatari, Satoru Kato,
Changes of phospho-growth associated protein 43 (phospho-GAP43) in zebrafish retina after optic nerve injury: a long term observation.
Neurosci. Res., Vol.61, pp.281-288, 2008.

Jieun Cheong, Yoichi Yamada, Riu Yamashita, Takuma Irie, Akinori Kanai, Hiroyuki Wakaguri, Kenta Nakai, Takashi Ito, Izumu Saito, Sumio Sugano, Yutaka Suzuki,
Diverse DNA Methylation Status at Alternative Promoters of Human Genes in Various Normal Tissues.
DNA Research, Vol.13, pp.155-167, 2006.

Yoichi Yamada, Tomoyo Shirakawa, Todd Taylor, Kohji Okamura, Hidenobu Soejima, Michiko Uchiyama, Tsuyoshi Iwasaka, Tsunehiro Mukai, Ken-ichiro Muramoto, Yoshiyuki Sakaki, Takashi Ito,
A comprehensive allelic methylation analysis of CpG islands on human chromosome 11q.
DNA Seq., Vol.17, pp.300-306, 2006.

Kohji Okamura, Yoichi Yamada, Yoshiyuki Sakaki, Takashi Ito,
An evolutionary scenario for genomic imprinting of Impact lying between nonimprinted neighbors.
DNA Research, Vol.11, pp.381-390, 2004.

Yoichi Yamada, Hidemi Watanabe, Fumihito Miura, Hidenobu Soejima, Michiko Uchiyama, Tsuyoshi Iwasaka, Tsunehiro Mukai, Yoshiyuki Sakaki, Takashi Ito,
A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 21q.
Genome Research, Vol.14, pp.247-266, 2004.

Shu-Ying Feng, Kazuhisa Ota, Yoichi Yamada, Nobuaki Sawabu, Takashi Ito,
A yeast one-hybrid system to detect methylation-dependent DNA-protein interactions.
Biochem. Biophys. Res. Commun., Vol.23, pp.922-925, 2004.

↑

Conference presentation †

発表者名:舩坂真愛、山田洋一
題名:ρ0出芽酵母株の多剤耐性におけるUME6遺伝子の寄与の検証
学会名:日本生化学会北陸支部第41回大会
発表番号:B-3
発表日:6月3日（土）, 2023

発表者名:太田真尋、山田洋一
題名:ρ0出芽酵母株におけるUME6遺伝子のPDR3遺伝子を介した多剤耐性への寄与の検討
学会名:日本生化学会北陸支部第41回大会
発表番号:F-3
発表日:6月3日（土）, 2023

発表者名:松川昌生、山田洋一、佐々木将
題名:DNA メチル化差異がもたらすマウス亜種特異的遺伝子の推定
学会名:日本遺伝学会 第90回大会（奈良大会）
発表番号:P-22
第90回大会Young Best Poster賞を受賞
発表日:9月19日(水)〜22日(土), 2018

発表者名:Ayana Tsuji and Yoichi Yamada
題名:Improvement of MIMGO: a gene set analysis to identify differentially expressed gene sets in a gene expression dataset
学会名: 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2016)
発表番号: P028
発表日: September 29-October 1, 2016

発表者名: 加藤光　山田洋一　佐藤賢二
題名: がん発症に関わる遺伝子セットの同定
学会名: 平成24年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F2部門　ヒューマンインターフェース4・その他
頁: F-94
発表日: 2012年9月

発表者名: 澤田紘樹　山田洋一　佐藤賢二
題名: 発現変動GO termの新規同定法の精度検証
学会名: 平成24年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F2部門　ヒューマンインターフェース4・その他
頁: F-95
発表日: 2012年9月

発表者名: 宮原大貴 佐藤賢二 山田洋一
題名: ヒトのCpG islandにおけるDNAメチル化状態の検討
学会名: 平成22年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: B部門　回路・医用電子
頁: B-12
発表日: 2010年9月11-12日

発表者名: 中山剣太 辰巳和也 山田洋一 佐藤賢二
題名: rRNA配列を用いた真核生物の生物種推定におけるSMOTEの効果について
学会名: 平成22年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F部門　情報処理 情報処理3
頁: F-54
発表日: 2010年9月11-12日

発表者名: Michio Kamiya, Kenji Satou, Yoichi Yamada
題名: Identification of DNA Methylation Which Leads to Differences of Gene Interaction Network between Cell Types
学会名: The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
予稿名: Genome Informatics 2009 (Poster and Software Demonstrations)
頁: P037-1,P037-2
発表日: 14-16 December 2009

発表者名: Aika Myosho, Kenji Nakano, Yoichi Yamada, Kenji Satou
題名: Semantic Classification of Nouns in UMLS Using Google Web 1T 5-gram
学会名: The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
予稿名: Genome Informatics 2009 (Poster and Software Demonstrations)
頁: P102-1,P102-2
発表日: 14-16 December 2009

発表者名: 嶋田孝徳, 山田洋一, 佐藤賢二
題名: 遺伝子発現データの階層的分類に関する研究
学会名: 平成21年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F部門　情報処理 情報処理2
頁: F-64
発表日: 2009年9月12-13日

発表者名: 辰巳和也, 山田洋一, 佐藤賢二
題名: 配列からの酵素機能推定手法の改善について
学会名: 平成21年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F部門　情報処理 情報処理2
頁: F-65
発表日: 2009年9月12-13日

発表者名: 吉田正和, 山田洋一, 佐藤賢二
題名: rRNA配列を用いた真核生物の生物種推定手法
学会名: 平成21年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F部門　情報処理 情報処理2
頁: F-66
発表日: 2009年9月12-13日

発表者名: 瀬戸司, 山田洋一, 佐藤賢二
題名: エピトープ領域の部分配列の抗原性と立体構造の関係について
学会名: 平成21年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F部門　情報処理 情報処理2
頁: F-67
発表日: 2009年9月12-13日

発表者名: 中野賢司, 山田洋一, 佐藤賢二
題名: 検索エンジンのn-gram統計データを用いた単語の意味分類
学会名: 平成21年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F部門　情報処理 パターン認識・理解3
頁: F-47
発表日: 2009年9月12-13日

発表者名: 前田康隆, 山田洋一, 佐藤賢二
題名: 複数の形容詞と名詞の修飾関係に基づく単語の意味分類に関する研究
学会名: 平成21年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F部門　情報処理 知識処理/ニューラルネットワーク
頁: F-49
発表日: 2009年9月12-13日

発表者名: 明姓愛香, 山田洋一, 佐藤賢二
題名: 単語の意味分類における潜在意味解析の効果について
学会名: 平成20年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: F部門　情報処理関係 知識処理
頁: F-42
発表日: 2008年9月12-13日

発表者名: 太田和徳, 山田洋一, 佐藤賢二
題名: 蛋白質機能に影響を及ぼす遺伝子多型の探索
学会名: 平成20年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: B部門　回路・医用電子関係 回路・医用電子３
頁: B-13
発表日: 2008年9月12-13日

発表者名: Kenji Satou, Kenri Konno, Osamu Ohta, Kazunori Mikami, Keita Teranishi, Yoichi Yamada, Shin-ya Ohki
題名: Effect of Parallel Processing and Optimization Techniques in Molecular Dynamics
学会名: The WSEAS International Conference on BIOMEDICAL ELECTRONICS and BIOMEDICAL INFORMATICS (BEBI'08)
予稿名: NEW ASPECTS OF BIOMEDICAL ELECTRONICS and BIOMEDICAL INFORMATICS
頁: pp.228-233
発表日: 20-22 August 2008

発表者名: Jovan David Rebolledo-Mendez, Masanori Higashihara, Yoichi Yamada, Kenji Satou
題名: Finding Hidden Relationship among Biological Concepts in Gene Ontology
学会名: The WSEAS International Conference on BIOMEDICAL ELECTRONICS and BIOMEDICAL INFORMATICS (BEBI'08)
予稿名: NEW ASPECTS OF BIOMEDICAL ELECTRONICS and BIOMEDICAL INFORMATICS
頁: pp.237-241
発表日: 20-22 August 2008

発表者名: Yoichi Yamada, Kenji Satou
題名: Prediction of Methylation Status on DNA Sequences and Identification of Its Important DNA Sequence Features
学会名: The WSEAS International Conference on BIOMEDICAL ELECTRONICS and BIOMEDICAL INFORMATICS (BEBI'08)
予稿名: NEW ASPECTS OF BIOMEDICAL ELECTRONICS and BIOMEDICAL INFORMATICS
頁: pp.223-227
発表日: 20-22 August 2008

発表者名: Masanori Higashihara, Jovan David Rebolledo-Mendez, Yoichi Yamada, Kenji Satou
題名: Ranking and Selection of Features for Improved Prediction of Nucleosome Occupancy and Modification
学会名: The 9th WSEAS International Conference on MATHEMATICS & COMPUTERS IN BIOLOGY & CHEMISTRY (MCBC '08)
予稿名: Mathematics and Computers in Biology and Chemistry
頁: pp.188-193
発表日: 24-26 June 2008

発表者名: Yoichi Yamada, Yuki Miyata, Masanori Higashihara, Kenji Satou
題名: Estimation of Identification Methods of Gene Clusters Using GO Term Annotations from a Hierarchical Cluster Tree
学会名: The 9th WSEAS International Conference on MATHEMATICS & COMPUTERS IN BIOLOGY & CHEMISTRY (MCBC '08)
予稿名: Mathematics and Computers in Biology and Chemistry
頁: pp.194-198
発表日: 24-26 June 2008

発表者名: 宮田祐生
題名: 遺伝子発現データのクラスタ解析からの遺伝子機能推定
学会名: 人工知能学会第二種研究会 分子生物情報研究会（SIG-MBI）
発表日: 2008年3月7日

発表者名: Aika Myosho, Yuki Miyata, Yoichi Yamada, Kenji Satou
題名: Analysis of Adjective-Noun Co-occurrence In Biomedical Text
学会名: The Sixth Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2008)
予稿名: The Sixth Asia-Pacific Bioinformatics Conference (Poster Abstract)
頁: P91
発表日: 14-17 January 2008

発表者名: 宮田祐生, 山田洋一, 村本健一郎
題名: Fuzzy k-means クラスタリングによる遺伝子機能の推定
学会名: 平成19年度電気関係学会北陸支部連合大会
予稿名: B部門　回路・医用電子関係
頁: B-11
発表日: 2007年9月8-9日

発表者名: Yuki Miyata, Yoichi Yamada, Ken-ichiro Muramoto
題名: A Cluster Identification Method without Using a Threshold of Correlation Coefficient in Hierarchical Cluster Analysis
学会名: The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006)
予稿名: Genome Informatics 2006 (Poster and Software Demonstrations)
頁: P019-1,P019-2
発表日: 18-20 December 2006

発表者名: Kenichi Hirotani, Yoichi Yamada, Miyuki Onda, Ken-ichiro Muramoto, Kenji Satou, Takashi Ito
題名: Sensitizing GO Tools Using Multiple Ratio-Cutoffs for Gene Selection
学会名: The 16th International Conference on Genome Informatics (GIW2005)
予稿名: Genome Informatics 2005 (Poster and Software Demonstrations)
頁: P028-1,P028-2
発表日: 19-21 December 2005

発表者名: 山田洋一, 橋本洋一, 村本健一郎, 伊藤隆司
題名: HM-PCR法による網羅的DNAメチル化解析
学会名: 第28回　日本分子生物学会年会
予稿名: 講演要旨集
頁: 217
発表日: 2005年12月7-10日

発表者名: Yoichi Yamada, Tomoyo Shirakawa, Todd Taylor, Kohji Okamura, Hidenobu Soejima, Tsunehiro Mukai, Yoshiyuki Sakaki, Ken-ichiro Muramoto, Takashi Ito
題名: A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q
学会名: Human Genome Meeting(HGM) 2005
予稿名: Workshop Abstract
頁: No.107
http://hgm2005.hgu.mrc.ac.uk/Abstracts/Publish/WorkshopOrals/Workshop15/
発表日: 18-21 April 2005