Research-related sites

Integrated databases †

Protocol http://www.protocol-online.org/

Integrated databases †

・JF1マウスゲノムデータベース http://molossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/index.jsp

・ヒト遺伝子アノテーション統合データベース (H-InvDB)　http://www.h-invitational.jp/hinv/ahg-db/index_ja.jsp

・酵母ゲノムデータベース(SGD)　http://www.yeastgenome.org/

・NCBI　http://www.ncbi.nih.gov/index.html

・UCSC　http://genome.ucsc.edu/

・ヒトゲノム解析センター(HGC)　http://www.hgc.jp/japanese/

・MGED project　http://www.mged.org/

・Protein Data Bank Japan http://pdbj.org/

・PROSITE　http://au.expasy.org/prosite/

・NCBI SNP　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=snp&cmd=search&term=

・Mouse Genomes Project - Query SNPs, indels or SVs http://www.sanger.ac.uk/sanger/Mouse_SnpViewer/rel-1505

・Oncomine　https://www.oncomine.org/resource/login.html

・The Cancer Genome Atlas (TCGA) Data Portal　http://cancergenome.nih.gov/

・dbProP（蛋白質多型データベース）　http://dbprop.nirs.go.jp/Prop/index.html

・BLAST関連のドキュメント　ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/documents/

・遺伝子データIDの対応表　http://biodb.jp/index.cgi?lang=jp&tax=hsa

Next-generation sequencing analysis tool †

・Bowtie2　http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/

・SRA Toolkit：　a collection of tools and libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives　http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software

・TopHat：　A spliced read mapper for RNA-Seq　http://ccb.jhu.edu/software/tophat/tutorial.shtml

・Cufflinks：　Transcriptome assembly and differential expression analysis for RNA-Seq　http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/cuffquant/#gffgtf-files

・perEditor: A tool to create personalized genome sequences　http://systemsbio.ucsd.edu/perEditor/

・AlleleSeq pipeline and related tools：http://alleleseq.gersteinlab.org/tools.html

遺伝子発現データベース †

・Gene expression omnibus　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

・ヒトHeLa細胞の細胞周期過程におけるマイクロアレイ遺伝子発現データ　http://genome-www.stanford.edu/Human-CellCycle/Hela/data.shtml

・出芽酵母の細胞周期過程におけるマイクロアレイ遺伝子発現データ　http://genome-www.stanford.edu/cellcycle/data/rawdata/

・出芽酵母のストレス（normal, temperature, oxidation, nutrients, pH, and osmolarity）応答のマイクロアレイ遺伝子発現データ　http://www.yeastgenome.org/reference/S000059716/overview

・出芽酵母のStationary phase time course (y12)のマイクロアレイ遺伝子発現データ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GDSbrowser?acc=GDS18

・出芽酵母(normal, BY4741)のマイクロアレイ遺伝子発現データ　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE13684

・出芽酵母(normal, BY4741)のRNA Sequencing遺伝子発現データ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE11209

・Repression of pleiotrophic drug resistance genes in Saccharomyces cerevisiae http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE8326

・Compendium of deletion mutant gene expression profiles http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42528

・Gene deletion expression profiles of yeast chromatin modifiers　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25909

・Human Gene Expression Index (HuGE Index)　http://zlab.bu.edu/HugeSearch/nph-HugeSearch.cgi?action=start

・Liver gene expression in a panel of laboratory inbred mouse strains https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE14563

・GSEA　Example Datasets　http://software.broadinstitute.org/gsea/datasets.jsp

・MLL translocations specify a distinct gene expression profile that distinguishes a unique leukemia Nature Genetics 30, pp 41 - 47 (2002).　http://portals.broadinstitute.org/cgi-bin/cancer/publications/pub_paper.cgi?mode=view&paper_id=63

Epigenome databases, Epigenome analysis tools †

・出芽酵母のchromatin imunoprecipitation protocol　http://younglab.wi.mit.edu/regulatory_network/Location_analysis_protocol.pdf

・出芽酵母のヒストンアセチル化およびメチル化データ　http://younglab.wi.mit.edu/nucleosome/DataDownload.html

・出芽酵母のヒストンアセチル化データ　http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867404005367

・出芽酵母転写因子結合データ　http://younglab.wi.mit.edu/regulatory_code/GWLD.html

・出芽酵母の浸透ストレス応答ヒストンアセチル化変動データ　　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE41587

・ヒト末梢血一塩基解像度メチル化データ　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE31263

・Loss of imprinting at the CTCF binding sites in the DLK1-DIO3 domain reactivates microRNA expression in acute promyelocytic leukaemia https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42543

・Evolutionary Significance of DNA Methylation in Human and Chimpanzee Brains　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE37202

・GSM1134680: Brain; Homo sapiens; whole-genome bisulphite sequencing and high-resolution DNA methylation array analysis of healthy tissues. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE46698

・Base-resolution analyses of sequence and parent-of-origin dependent DNA methylation
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE33722

・Bismark: A tool to map bisulfite converted sequence reads and determine cytosine methylation states　http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/

・Bis-SNP: A bisulfite space genotyper & methylation caller　http://epigenome.usc.edu/publicationdata/bissnp2011/

・UCSC MethBase　http://smithlabresearch.org/software/methbase/

・IHEC Data Portal　http://epigenomesportal.ca/ihec/index.html

・Human Epigenome Atlas　http://www.genboree.org/epigenomeatlas/index.rhtml

・NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium　http://www.roadmapepigenomics.org/

・Imprinted Genes　http://www.geneimprint.com/site/genes-by-species.Homo+sapiens

Archive of journal literature †

・Entrez　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

・Scopus　https://www.scopus.com/home.uri?zone=header&origin=searchbasic

Bioinformatics tools †

・Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html/

・Genomica　http://genomica.weizmann.ac.il/

・GSEA User Guide http://www.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html

・GSEA Data formats http://www.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Data_formats

・SAM-GS（gene set analysis）　http://www.ualberta.ca/~yyasui/software.htm

・BLAT http://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/exe/

・AMBER　http://www.conflex.co.jp/prod_amber.html

・科学技術振興機構提供ツールLinK集　http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/stga_category

・クラスタリングソフトウエア　http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/~mdehoon/software/cluster/

・ClustalW　http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/clustalw-j.html

・RasMol　http://www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.2.1.1/

・EMBOSS　http://emboss.sourceforge.net/

・EMBOSS（EMBOSSの日本語サイト） http://jambo.sourceforge.jp/

・Tandem repeat finder　http://tandem.bu.edu/trf/trf.html

・TermFinder　http://search.cpan.org/dist/GO-TermFinder/lib/GO/TermFinder.pm

・GO Tools　http://www.geneontology.org/GO.downloads.shtml

・CpGProD (CpG Island Promoter Detection)　http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod.html

・Primer Design and Search Tool 　http://bisearch.enzim.hu/?m=search

・MethPrimer http://www.urogene.org/methprimer/index1.html

・MODELLER（ホモロジーモデリング）　http://www.salilab.org/modeller/about_modeller.html

・Dotlet（ウェブ上で動作するドットマトリクスプログラム）　http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet

Perl †

・Bioperl　http://www.bioperl.org/

・「Perlを始めよう」エディタ　https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/perlhajime/

・Active Perl(MSI for Windows)　https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/activeperl/

一般ソフトウェア †

・R による統計処理　http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/

・解凍圧縮ソフト　https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/lhaplus/

・Cygwin　http://cygwin.com/

・Teraterm https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/utf8teraterm/

・PuTTY　http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html

・WinSCP(Windowsで動くSCP・SFTPクライアント)　http://winscp.net/eng/docs/lang:jp

・VNC Viewer　　http://nsb.homeip.net/pc/vnc/index.html

・GIMP(ペイントツール) https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/gimp/

・EmEditor　http://www.forest.impress.co.jp/library/software/emeditor/

・postgresql http://www.postgresql.org/

・mysql http://www.mysql.gr.jp/