バイオインフォマティクスA †

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目次 / Contents †

'1. バイオインフォマティクス1
2. バイオインフォマティクス2
3. 遺伝子発現調節1
4. 遺伝子発現調節2
5. マイクロアレイとアフィメトリクス
6. RNAシークエンス
7. 遺伝子発現データベース
8. 期末試験

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圧縮・解凍ソフト †

  • Windowsの場合は、https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/lhaplus/より、インストーラーをダウンロードする。ファイルを解凍する際、ファイルをLhaplus (ラプラス）のショートカットにドラッグして展開してください。
  • Macintoshの場合はLhaplusをインストールする必要はなく、ダブルクリックで解凍可能です。
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The Integrative Genomics Viewer (IGV) †

1. https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.16/からIGV_Win_2.16.2-WithJava-installer.exeをダウンロードし、インストールする。
2. デスクトップに現れたショートカットアイコンをクリックし、IGVを起動後、左上部のプルダウンメニューからHuman hg19を選択する。
3. File→Load from ENCODE (2012)→FilterでGM12878を指定し、dataTypeがRnaSeqで、viewがAlignments、replicatesが1、そしてtypeがbamであるRnaSeq最上部のGM12878を選択する。
4. 上部入力窓に、TP53を入力し、Goを押す。
5. chr17:7578370-7578560の第１エキソンとchr17:7578170-7578290の第２エキソンを含んだchr17:7578170-7578560を指定し、第１エキソンと第２エキソンを跨いだ全リードを表示した画面をキャプチャ（[Windows ロゴ] キー + [Shift + S]キー）し、ワードファイルにペーストする。

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教科書 / Textbook †

授業中に資料を配布 　 　

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成績評価 / Evaluation †

授業には皆出席することを原則とし，3分の2以上の出席を必要とする.

  • 積極性，小テスト，レポート（50%）
  • 期末試験（50%）
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講義資料　/ handout †

授業で使用したpptファイル